解放以后，国家对吉林文庙古建筑的保护非常重视，1965年经吉林省拨款，在北京购黄琉璃瓦，并特聘北京古建专家，对吉林文庙大成殿进行维修，共耗资人民币20余万元。

    吉林文庙自建成到“文革”之前经历过6次较大规模的维修。“文革”期间，遭到了严重破坏。

    1961年，吉林文庙被吉林市人民委员会公布为吉林市重点文物保护单位。

    1985年，国家、省、市先后拨款340余万元人民币对吉林文庙进行了修葺。

    1987年，吉林文庙被吉林省政府公布为吉林省重点文物保护单位。

    1990年9月28日，以吉林文庙为馆址成立了吉林市文庙博物馆，并正式对外开放。

    1991年5月，在大成殿内塑孔子、四配、十二哲人泥塑像十七尊。

    1995年，在吉林文庙第一进院落修建了东北第一座碑林——吉林碑林。

    2006年5月25日，国务院批准吉林文庙为第六批国家级重点文物保护单位。

    2007年，拆除了三进院落70年代建设的与崇圣殿并列相距不足两米的两层办公楼，消除了重大火灾隐患。

    2007年9月，接管了吉林文庙西墙外（原吉林文庙文昌宫旧址）文化管理办公室（旅游超市），整修后二楼一部分（400多平方米）作为吉林市文庙博物馆办公场所。

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