据《泉州府志》记载，泉州府文庙始建于唐开元末年，当时的宰相张九龄题匾“鲁司寇庙”，址在州衙城右（今泉州市体育场一带）。五代时名为宣圣庙。但有庙无学，只是祭祀孔子的场所。

    北宋太平兴国初（976），郡守乔维岳始迁庙于崇阳门外的三教铺（即今文庙址）。太平兴国七年（982），郡守孙逢吉即庙建学。从此有庙有学，学宫正式形成。其后运判赵贺、郡守陈钦祚均有修葺。大中祥符二年（1009），郡守高惠连迁于育材坊（今庄府巷），大观三年（1109）郡人龙图阁学士柯述向郡守建议，复迁于三教铺，并建泮宫门，从此固定下来至今。南宋绍兴七年（1137），郡守刘子羽重建“左学右庙”，就原址增高2尺，并建东西两庑和泮池。绍兴中，又在府学东偏附设晋江县学。隆兴初（1163）教授黄启宗建夫子泉。嘉泰元年（1201）守倪思作棂星门，辟武斋，增小学。乾道间（1165～1173）教授林岜建瑞莲堂于讲堂右。淳熙（1174～1189）中，郡守姚宪改庙门，修文昌阁及诸斋（教室）。自淳熙至或咸淳年间，历任太守姚宪、司马伋、章良能、邹应龙、黄朴、刘伟权、陈大猷、韩识等先后修葺扩建。咸淳（1265～1274）中，殿毁于火，太守赵希重建。

    元代以来，历任地方官员继续修葺扩建。元大德三年（1300）修明伦堂，十年修大成乐。至治元年（1321）筑杏坛于棂星门南。至正间（1341～1368）造大成乐，铸礼器，筑石桥于方池。明洪武八年（1375）重修明伦、议道两堂及两庑斋舍等。二十三年重建杏坛于庙南，三十一年殿圮，知府重修。永乐初（1403）葺两庑，重建棂星门。永乐、正统间（1403～1449），曾振、王浚、陈祚等先后修明伦堂，建会馔堂、米廪、宰牲所，辟射圃等。天顺、成化间（1457～1487）“以学门西向非宜，增建庙门南向”，洋宫门仍予保留。又建护学祠、会讲堂、祭器库、府学号房50间。嘉靖三年（1524）改建议道堂为教授厅，建训导廨。购庙前址为总门，迁河沟南面民房辟路；六年“作二桥跨河（濠沟），设庙门学门于河外”。三十五年建尊经阁；四十年改泮池为圆，如古泮宫之制；四十五年于明伦堂前建育英门。清代顺治、康熙、雍正间（1644～1735）均有修葺。乾隆二十六年（1761）全面修葺，并将大成门内外皆易以石，作“金声”、“玉振”两门石匾，移建崇圣祠于殿东，重建尊经阁。至此，府学规模最为宏敞，其范围东至百源川池，西至中山中路，南临涂门街，北达打锡巷。其总体由孔庙和府学两大建筑构成，并附以乡贤名宦诸祠。

    1998年重修两庑及大成门，续整治建筑群环境。2001年拆迁庙周建筑，恢复古文庙规模建制。

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