嘉定县第一任知县高衍孙于南宋嘉定十二年（1219年）创建嘉定孔庙，称文宣王庙。庙左建儒学，额为化成堂。从南宋到元代，规模不大。淳祐元年（1241年）在庙中置孔子塑像，凿泮池，建兴贤坊。四年（1244年）修儒学，改化成堂为明伦堂。咸淳元年（1265年）重建文宣王庙易名大成殿，天历二年（1329年）又移至大成殿东南，至正十三年（1353年）建棂星门。

    元代孔庙初具规模，进至扩充阶段，天顺四年（1460年）重建大成殿、两庑、大成门、明伦堂。因庙南有留光寺，开门见寺，当地士人认为有碍风水，在庙前筑土山障蔽。

    明代成化十年（1474年）建尊经阁，正德四年（1509年）重筑土山，命名应奎山，并引水环绕。嘉靖十九年（1540年）将原文昌祠改建启圣祠。万历三十一年（1603年）大修各殿堂，并疏浚野奴泾、唐家滨、新渠、南北杨树滨5条河道汇合于应奎山周围，寓“五龙抢珠”之意，取名汇龙潭。

    清代孔庙规模已定，各殿宇堂室几度重修，咸丰年间，小刀会起义和太平军东征，战火纷飞，孔庙建筑亦有损坏，同治、光绪年间，陆续修复大成殿、两庑、大成门、棂星门、名宦祠、乡贤祠、崇圣祠等。重建门外仰高、兴贤、育才坊、筑魁星阁于汇龙潭畔。

    1958年嘉定县划归上海市后，经市人民委员会批准修缮嘉定孔庙，由市民用建筑设计院工程师乔舒祺负责修复设计。

    1959年开工，在明伦堂庭院西侧，东庑后墙建碑廊。

    1961年11月修复三坊、棂星门、大成门及两旁祠宇、东西庑、大成殿、明伦堂、当湖书院等。

    1962年，公布为上海市文物保护单位。

    1976年，孔庙前的汇龙潭、应奎山、奎星亭划入汇龙潭公园。

    1981年又大修大成殿。现为嘉定县博物馆基本陈列室及办公地址。

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