创建文庙以前，巨野祭孔要到城东北的麒麟台。宋金时期，巨野文庙原建于城北，由于屡经河患，废立不一。

    明·洪武四年（1372年），县丞陶友仁于旧址重建。

    明·洪武十五年（1383年），县丞吕让移建于今址。永乐年间，教谕韩文兴建。正统年间县丞段汝旦、成化年间知县刘林进行增修，正德年间知县余守观、田齐重修。

    明·万历三十三年（1603年），江性于棂星门前刨池汇水，复于门南池北建坊俗称太和门。

    明·泰昌元年(1620年)，吕鹏云捐俸，易民舍，除丰蔀于庙前以疏其气，复因左寺院右浮图主客形阨地，筑奎楼于城上，以敌其势。

    明·天启初年，方时化新建西庑。

    明·崇祯末年，井济对祠堂及时修筑，以宣圣教。

    清·康熙二十三年（1684年），张允吉偕学博略为补葺。四十一年（1702年），县令章弘鼎新正殿，续成诸祠，规制乃备。

    清·乾隆十五（1750年）年，知县朱容极重修文庙。十八年（1753年），改建邑学，更名麟川书院。

    清·道光十二年（1832年），陈应元重修。

    1943年，曾子南重修。

    解放后，巨野文庙大成殿一度被作为粮仓使用。

    1979年巨野县革委会公布为县级文物保护单位。1982年，山东省文物局拨专款对频临倒塌的大成殿进行修缮。1995年粮仓搬迁，1996年，复建弘道门，恢复孔子及四配塑像，殿前筑建月台。2006年9月至2007年11月，巨野县政府斥资150万元复建西庑，大成门，鼎新正殿，增加月台护栏。

    2006年12月，巨野文庙被山东省人民政府公布为第三批省级文物保护单位。

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