长崎是日本华侨的发祥地。长崎华侨不仅在中日两国的经济文化交流及华侨史上充当了主角，而且在与异文化的接触并摩擦中，为弘扬祖国文化也谱写了壮丽篇章。
长崎华侨建造的著名的“四大唐寺（又称‘四福寺’）”，即、“兴福寺（1620年创建、三江帮所属）”、“福济寺（1628年创建、福建泉州、漳州帮所属）”、“崇福寺（1629年创建、福州帮所属）”、“圣福寺（1677年创建、广东帮所属）”和长崎孔子庙中国历代博物馆（1893年创建），至今已有几百年的岁月。每个寺院都是华侨史的一部分，不仅反映了华侨的文化意识和热爱祖国的赤子之心，也是华侨社会形态的缩影，并作为长崎的名胜古迹为中外游人所光顾。
长崎的“四大唐寺”是佛教寺庙，在供奉神明时也供奉中国民间神 ，实际上是一种混合信仰的庙寺。当时日本幕府严厉禁止西方天主教传入，华侨以同乡人为基础，集资分别建盖了四大唐寺，旨在以庙寺表示华侨与天主教无关，并以庙寺为中心，联合本帮华侨实行自治，并通过佛教寻求自己文化的根。这四大唐寺作为中国文化的象征，不仅反映了海外华侨宗教信仰上的特点，也反映了华侨社会中地缘关系纽带的强韧性。
长崎孔子庙据推测始建于1893年（明治26年）。是长崎华侨继各大乡帮的“四大唐寺”之后，为跨越乡帮这一华侨社会特有的地缘团体关系，实现华侨大团结，在清王朝驻长崎领事馆的建议下，由各大乡帮（主要是由三帮）组织平均分担出资，自己动手兴建的日本唯一的一所孔庙，长崎唯一的一座跨越地缘关系为全长崎华侨所有的庙宇。它自建成至今已有一个多世纪。
长崎孔子庙座落在长崎市大浦町32番地，占地面积为3300平方米，初全部由日本职业匠人施工。孔庙的正殿为“大成殿”，殿内供奉着孔子像，大成殿后侧有“崇圣殿”，供奉着孔子的父亲叔梁纥和祖先五代的灵牌。除此之外庙内还设有“表门”、“石门”、“会门”、“净手处”，是纯粹的中国式建筑。当时庙宇所用的瓦，不是黄色为黑色。
长崎孔子庙地处原外国人居留地中心的大浦地区的中枢，不在正规的中国人居留地的“新地、广马场”。在外国人居留地建造中国人视为正宗的精神和文化生活中心的孔子圣殿，是当时在困境中奋发开辟天地的长崎华侨们的又一智慧的新天地，以受雇于外国人为由，开始涌进大浦外国人居留地，不久、孔子庙大浦町三十二番地一角就聚满了华侨，孔子庙成了长崎中国文化和团结全体华侨的据点。
1905年（光绪31年）在清朝政府驻长崎领事馆卞 昌领事的建议下，长崎华侨在长崎孔子庙内兴建了全九州地区唯一的一所培养华侨子弟的“时中（取意：大哉孔子圣之时，中庸之道应尊崇）”学校。并招聘祖国师范学校的毕业生专门赴日任教。时中学校的日常经费主要是由三大帮共同负担，广东、闽南、福州、浙江、北京语、日本语、英语作为教学语言并用。时中学校位于庙宇右侧。“时中”学校建立后，培养了大批的华侨子弟，为弘扬祖国文化做出了重要的贡献，在日本华侨学校教育史上占有重要位置。
长崎孔子庙曾在战时长崎遭受原子弹轰炸时遭到破坏，到处是断壁残垣。1960年，时中学校的财政经营情况开始日益恶化，为了援助侨校，1967年孔子庙作为观光设施进行了一系列的大改修。
时中学校时隔74年之久离开了自己诞生的摇篮孔子庙，迁到了孔庙只隔一条小道的对面的大浦町乙二十二番地新建的校舍（时中学校于1989年闭校）。
此次改建拆掉了孔庙正殿大成殿后侧的崇圣殿，新建了“唐人馆”，并改修了大成殿和石门，重建了被昭和初期发生的特大台风破坏了仪门（正门）等。
此次改修为了能尽善尽美地彻底贯彻中国正宗庙宇的方针，因当时正值中国文化大革命，故从台湾特邀了一流庙专业职业匠人15人（装饰匠10名、瓦匠5名）参与此建。
此次改建所用的瓦以及装饰用的玻璃等材料，全部都是从台湾专运的。此次新建的大成殿和正殿两侧的殿堂和仪门顶盖，全都是用金黄色的陶制瓦苫盖的，优美的缓缓斜坡下来的顶盖上装饰的麒麟、龙、凤和塔等，全都是用红、白、蓝和蔚蓝色的玻璃所制，在阳光下闪闪发光。
此次重建耗费了2亿以上的巨资，落成仪式是在孔子诞辰9月28日举行的。自此、长崎孔子庙在历经了74年的风雨之后，为了适应时代和当时华侨社会的实际情况，又开始了它新的路程。
1983年长崎孔子庙创建90周年之际，孔子庙又进行了一次改修，把大成殿后侧的唐人馆修建成了中国历代博物馆，故现孔庙名为长崎孔子庙中国历代博物馆。并以大成殿为中心进行了改装，从北京古建公司专购了七万五千块硫璃瓦重苫了庙宇顶盖，并在上面加修了八对龙和仙人的美雕，在正殿大成殿两侧行道上加修了青白石雕刻的高与人齐的七十二贤人雕像，大成殿内部安放孔子像的圣台，全都用油漆涂刷后，又贴上了金箔，孔子的四大高生和十二哲的灵牌、礼器和武器等也都重换了，同时又在相当于左右回廊的两侧殿堂的后壁台湾花莲产的大理石上，雕刻上了16000余字的论语全文，故成现在的孔子庙形态。
现在的孔子庙仪门前面有一对华面大石狮，距石狮不远处矗立着一对龙蝠石碑，石碑上分别刻有唐代名画家吴道子的“孔子赞”和北宋书画家米芾的“颂孔诗”。主建筑大成殿前中央有一正面刻有“大学”全文，背面刻有唐玄宗的颂孔诗的大石碑，大成殿内部供奉孔子雕像，孔子的得意门生翁仲的石像立于殿外两侧，一为文，一为武，就整体而言，长崎孔子庙呈华南文庙样式。大成殿后侧的中国历代博物馆是一座现代化建筑，采用的是全封闭式中央空调设备和防盗设备，一楼为中国历史博物馆文物厅，二楼为中国故宫博物院明、清两代宫廷文物厅，故宫博物院和中国历史博物馆所藏文物、国宝，每两年更换一次在此展出。此馆自开馆以来，至今已历时14年的岁月，已经展出了多种从汉代兵马俑、两晋南北朝青磁器，到唐、宋、元、明代的磁器、明清时期的工艺品等中国历史博物馆和故宫博物院所藏国宝文物。
在此需一提的是长崎孔子庙自创建七十年后虽经过两次大修，但两次大修时都基本上重视和注意保留建庙初期原有的建筑，现在的大成殿的基石、殿内的铺地石、柱子、石门等都是一百年前孔庙的原有物，大成殿石阶的中央地段和被视为天子行道的御道石，使用的都是与初建时相同的石头铺建成而的，拆掉的瓦和石雕品类也都适当地加以保留或作为展示品摆在了展厅。因曲阜孔子庙里有子项种植的常绿乔木，所以100年前建庙初期特从中国专购移植了水胡桃树，这一雌一雄的百年水胡桃树，作为孔庙和时中侨校的历史见证人，今日仍巍然屹立在庙内石门的两旁。
1986年长崎孔子庙开始恢复了祭孔盛典活动。现在孔子庙每逢孔子诞辰纪念日都基本上按照古代形式，穿戴上古时衣幅等举行隆重的祭孔活动。长崎的一些有志华侨为此曾专访过山东曲阜子庙拜师请教，就此专门进行了学习。为了能够仿古尽可能再现古时祭孔仪式，盛典活动时穿戴的式服、用具（大伞、大扇、提灯、香炉、刀等）全都是从国内专购来的。当日、孔子圣像被特别摆在孔子圣堂，主宰正献官六名端坐两旁，庙前作为供品供奉着子牛、子羊和子猪各一头。人们在大鼓勃和香烟缭绕中行献酒礼，基本上是按照（1）鼓初严；（2）鼓再严；（3）鼓三严；（4）正献官就位；（5）启扉；（6）瘗毛血；（7）迎神；（8）鞠躬；（9）进馔；（10）上香；（11）行初献礼；（12）恭读祝文；（13）鞠躬；（9）进馔；（10）上香；（11）行初献礼；（12）恭读祝文；（13）鞠躬；（14）行亚献礼；（15）行终献礼；（16）饮福受胙；（17）撒馔；（18）送神；（19）鞠躲；（20）捧祝帛诣燎所；（21）望燎；（22）复位；（23）阖门；（24）礼成的形式进行，可谓是古代画卷的再现，其隆重热闹非凡。当日不仅是长崎华侨和当地居民，各地的侨领和华侨也都专程前来参加。此孔子诞辰盛典活动在长崎华侨社会已作为一个新的习俗，鬲合进了长崎华侨的生活中。
长崎孔子庙固有“日本中的中国”之称，在日本人中间也颇具名气和影响。随着时代的发展，现在长崎孔子庙中国历代博物馆在日本已作为财团法人登记注册，为促进中日两国的友好往来，还从事国际文化交流活动，每年不仅为来日的中国自费留学生提供奖学金，还为中日有关方面的文化交流活动，提供各种力所能及的援助和资助。
长崎孔子庙是日本华侨社会的产物。它在时代的风雨中，为适应时代的要求为迎接即将到来的二十一世纪，在变容的同时，肩负起了一个又一个历史赋予它的使命。长崎孔子庙是我们长崎华侨和全日本华侨的骄傲，它定将在华侨们的共同努力下得到永生。
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