毓圣侯祠为清代建筑，祠三间，七檩四柱前后廊式木架，前出廊，灰瓦硬山顶。长10.67米，宽7.5米，是奉祀尼山之神的专祠。宋皇祐二年（1050年）仁宗以“兖州泗水县尼丘山崇岗秀阜，云雨所出”，“挺毓睿哲，为万代师”，封尼山神为毓圣侯，并建专祠奉祀。院内还存有两块石碑，一为元至正二年（1342年）《创建尼山书院之记事碑》，一为明永乐十六年（1418年）《重建尼山庙记碑》。

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