建水文庙从始建之初，至清朝末年626年间，有史记载重修重建，增扩建共有52次之多，平均每12年就有一次。

    到本世纪初，“五四”运动后，由于受到“打倒孔家店”思潮的影响，建水文庙的修缮建设停顿下来。因年久失修和使用单位、个人随意乱搭建、挤占，致使建水文庙建筑损毁较为严重，环境遭到很大破坏，有的甚至基址无存。新中国建立后，建水文庙一直由建水第一中学管理使用。

    改革开放以来，建水文庙的保护和建设得到了各级政府的重视和支持。1983年，云南省人民政府将建水文庙列为第二批省级重点文物保护单位。从1986年建水文庙学海的修整得到各级政府部门及社会各界重视和支持起，十余年来共筹集250余万元进行修缮和建设。1993年，建水文庙主体建筑部分划归建水县文物管理部门管理，经初步整理后对外开放游览，每年有十五六万游客参观游览，取得了较好的社会效益、经济效益和环境效益。

    随着社会的快速发展，旅游需求的不断提高，云南省把旅游业作为四大支柱产业重点扶持发展。在全省旅游发展战略规划中，建水文庙按历史原貌修复开放游览，得到了省、州、县各级政府的极大重视和支持，并列入了1999年度云南省政府扩大内需、建精品旅游景区的计划盘子。云南省政府拨款500万元，共计投入资金1500万元对文庙全面修复。

    2001年底，建水文庙单体古建筑修缮及恢复重建一期工程已基本完成。该项工程按损坏糟朽程度分局部维修、揭瓦维修和落架大修。此次维修按照恢复旧貌旧规、修旧如旧的原则进行，并严格执行《建水文庙修复工程维修施工方案》和《建水文庙古建筑物修缮质量标准、操作程序及其规范要求》。

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